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判定親生關系的理論依據是孟德爾遺傳的分離律。按照這一規律，在配子細胞形成時，成對的等位基因彼此分離，分別進入各自的配子細胞。精、卵細胞受精形成子代，孩子的兩個基因組一個來自母親，一個來自父親；因此同對的等位基因也就是一個來自母親，一個來自父親。鑒定結果如果符合該規律，則不排除親生關系，若不符合，則排除親生關系（變異情況除外）。在大多數的情況下，母、子關系是已知的，要求鑒定假設父和孩子是否親生關系。此時首先從母、子基因型的對比中，可以確定孩子基因中可能來自父親的基因（生父基因，OG）。然后觀察假設父親的基因型，如果不具有生父基因，則可排除假設父與孩子的親生關系。若假設父也具有生父基因，結果就不能排除假設父的親生關系，假設某案例中母親是FGA-22/23型，孩子為22/25型，從比較中可確定生父基因是FGA-25。此案中假設父1為FGA-22/24型；假設父2為24/25型。其中假設父1不具備生父基因25，故可排除他與孩子的親生關系；相比之下，假設父2因具有FGA-25，不排除與孩子有親生關系。
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